インボイス対応で使える補助金は？IT導入補助金・持続化補助金を比較【2026年版】

どの事業者にどの制度が向くか？

インボイス対応の状況と導入したいものに応じて、最適な補助金が変わります。

出典: 各補助金公募要領より作成｜最終確認: 2026年6月

デジタル化・AI導入補助金2026（インボイス枠）の詳細

IT導入補助金は2026年度から「デジタル化・AI導入補助金2026」に名称が変わりました（事務局は中小企業基盤整備機構）。「インボイス枠（インボイス対応類型）」は、会計・受発注・決済ソフトの導入費用を補助します。2026年度からは生成AIを活用したツールも補助対象として明確化されています。

出典: デジタル化・AI導入補助金2026 公式サイト公募要領｜最終確認: 2026年6月。ハードウェアの上限額等は2025年度の水準を踏襲したものです。申請前に最新の公募要領をご確認ください。

小規模事業者持続化補助金（インボイス特例）の詳細

小規模事業者持続化補助金には、免税事業者が新たに課税事業者に転換した場合に補助上限額が+50万円上乗せされる「インボイス特例」があります。

出典: 小規模事業者持続化補助金 公募要領｜補助率: 2/3（賃金引上げ特例を活用する赤字事業者は3/4）｜最終確認: 2026年6月

特例の対象: 免税事業者のうち、適格請求書（インボイス）発行事業者の登録を受けた事業者。対象となる課税期間等の詳細な条件は、申請する公募回の最新の公募要領をご確認ください。

なお、2026年5月公開の第20回公募（公募要領第7版）では、賃金引上げ特例の要件が「従業員1人あたり給与支給総額を年平均3.0%以上増加」させる方式に変更され、広報費・ウェブサイト関連費にそれぞれ上限30万円（税込）が新設されたとされています。詳細は公募要領をご確認ください。

補助対象になりやすい費用・なりにくい費用

2割特例の終了と対応策（2026年9月末）

2割特例（免税事業者が課税事業者に転換した場合に納税額を売上税額の2割にできる制度）の終了後は、本則課税か簡易課税を選択する必要があります。

業種別: 2割特例 vs 簡易課税の比較

出典: 国税庁「インボイス制度特設サイト」

個人事業主には「3割特例」が措置される見込み

令和8年度税制改正大綱では、個人事業者のみを対象に、納税額を売上税額の3割とする「3割特例」を2027年分・2028年分の課税期間に適用する措置が盛り込まれました。法人は対象外のため、2割特例の終了後は本則課税か簡易課税の選択が必要です。改正法の最終的な内容は国税庁の公表情報をご確認ください。

免税事業者からの仕入控除の経過措置

免税事業者からの仕入れに係る80%控除の経過措置は、当初は2026年10月から控除割合が50%に引き下げられる予定でしたが、令和8年度税制改正大綱で段階的な引き下げに緩和され、終了時期も2年延長される方向です。

※ 2026年10月以降のスケジュールは令和8年度税制改正大綱（2025年12月公表）に基づくものです。最終的な内容は改正法の成立後に国税庁の情報でご確認ください。

2026年の公募スケジュール（直近締切）

2026年6月時点の各制度の公募状況です。締切後の公募回は事務局の発表を待って順次更新されます。

出典: 各事務局公式サイト・中小企業庁｜最終確認: 2026年6月13日

申請の具体的なフロー

デジタル化・AI導入補助金（旧IT導入補助金）の場合

1. GビズIDプライムを取得（2〜3週間）
2. IT導入支援事業者を選定（公式サイトで検索可能）
3. 導入するITツールを選定（事務局登録済みツールから）
4. 交付申請（支援事業者と共同で電子申請）
5. 交付決定後にツール導入 → 実績報告 → 補助金交付

小規模事業者持続化補助金の場合

1. 経営計画書・補助事業計画書を作成
2. 商工会議所で事業支援計画書を発行
3. 電子申請（jGrants） → 採択 → 事業実施 → 補助金交付

よくある質問（FAQ）