インボイス対応で使える補助金は？IT導入補助金・持続化補助金を比較【2026年版】

この記事のポイント

会計ソフト・レジ導入にはIT導入補助金のインボイス枠（補助率最大3/4、上限350万円）
免税→課税転換した事業者は持続化補助金のインボイス特例で上限+50万円
2割特例は2026年9月末で終了 — 簡易課税への切替準備が急務

インボイス対応でまず検討すべき3制度

IT導入補助金（インボイス枠）

会計ソフト・レジ・受発注システムの導入費用を補助。小規模事業者はソフトウェア補助率3/4

小規模事業者持続化補助金（インボイス特例）

免税→課税転換で上限+50万円。販路開拓やインボイス対応の事務負担軽減に

ものづくり補助金

受発注管理システムの大規模刷新など、大型投資を伴う場合に（上限750万〜1,250万円）

出典: 各補助金公募要領｜最終確認: 2026年4月

どの事業者にどの制度が向くか？

インボイス対応の状況と導入したいものに応じて、最適な補助金が変わります。

やりたいこと	おすすめ制度	補助率	上限額
クラウド会計ソフトの導入	IT導入補助金	3/4〜2/3	350万円
インボイス対応レジの購入	IT導入補助金	1/2	20万円
免税→課税転換 + 販路開拓	持続化補助金	2/3	100万円
受発注システムの大規模刷新	ものづくり補助金	1/2〜2/3	1,250万円
PC・タブレットの購入	IT導入補助金	1/2	10万円

出典: 各補助金公募要領より作成｜最終確認: 2026年4月

IT導入補助金（インボイス枠）の詳細

IT導入補助金の「インボイス枠（インボイス対応類型）」は、会計・受発注・決済・ECソフトの導入費用を補助します。

対象	補助率	上限額
ソフトウェア（50万円以下）	3/4（小規模）、2/3	50万円
ソフトウェア（50万円超）	2/3	350万円
PC・タブレット等	1/2	10万円
レジ・券売機	1/2	20万円

出典: IT導入補助金公式サイト公募要領｜最終確認: 2026年4月

対象ツールの具体例

クラウド会計ソフト（freee、マネーフォワード、弥生会計等）
受発注管理システム
インボイス対応POSレジ
電子帳簿保存法対応ソフト

小規模事業者持続化補助金（インボイス特例）の詳細

小規模事業者持続化補助金には、免税事業者が新たに課税事業者に転換した場合に補助上限額が+50万円上乗せされる「インボイス特例」があります。

枠	通常上限	インボイス特例適用時
通常枠	50万円	100万円（+50万円）
賃金引上げ枠等	200万円	250万円（+50万円）

出典: 小規模事業者持続化補助金公募要領｜補助率: 2/3

特例の対象: 2021年9月30日〜2023年9月30日の属する課税期間に免税事業者であり、その後に適格請求書発行事業者として登録した事業者。

補助対象になりやすい費用・なりにくい費用

対象になりやすい

クラウド会計ソフトのライセンス
インボイス対応POSレジ
受発注管理システム
電子帳簿保存法対応ソフト
レジ・券売機のハードウェア

対象になりにくい

税理士への顧問料
インボイス登録申請の手数料
消費税の納税額そのもの
汎用PC（IT導入補助金以外）
すでに購入済みの製品

インボイス対応以外にも、あなたの事業に合った補助金があるかもしれません

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2割特例の終了と対応策（2026年9月末）

2割特例は2026年9月30日を含む課税期間で終了します。個人事業主は2026年分の確定申告が最後です。

2割特例（免税事業者が課税事業者に転換した場合に納税額を売上税額の2割にできる制度）の終了後は、本則課税か簡易課税を選択する必要があります。

業種別: 2割特例 vs 簡易課税の比較

業種	簡易課税みなし仕入率	2割特例終了後の影響
卸売業	90%	簡易課税で税負担変わらず
小売業	80%	同等
飲食業	60%	税負担が増加
サービス業	50%	税負担が増加

出典: 国税庁「インボイス制度特設サイト」

簡易課税を選択する場合は、適用したい課税期間の前日までに届出が必要です。2026年9月の終了に備え、早めに税理士に相談しましょう。

免税事業者からの仕入控除の経過措置

期間	控除割合
2023年10月〜2026年9月	仕入税額の80%
2026年10月〜2029年9月	仕入税額の50%
2029年10月〜	控除不可

申請の具体的なフロー

IT導入補助金の場合

GビズIDプライムを取得（2〜3週間）
IT導入支援事業者を選定（公式サイトで検索可能）
導入するITツールを選定（事務局登録済みツールから）
交付申請（支援事業者と共同で電子申請）
交付決定後にツール導入 → 実績報告 → 補助金交付

小規模事業者持続化補助金の場合

経営計画書・補助事業計画書を作成
商工会議所で事業支援計画書を発行
電子申請（jGrants） → 採択 → 事業実施 → 補助金交付

いずれの補助金も、交付決定前の発注・契約は補助対象外です。

よくある質問（FAQ）

Q. 免税事業者のままでいることはできますか？

可能です。ただしBtoB取引が中心の場合、取引先が仕入税額控除を受けられなくなるため、値引き要求等を受けるリスクがあります。BtoC中心の事業者は影響が比較的小さいです。

Q. 補助金を使って買った会計ソフトは課税対象ですか？

補助金自体は消費税の課税対象外（不課税）です。ただし法人税・所得税の計算上は収入（益金）に算入されます。

Q. IT導入補助金と持続化補助金は併用できますか？

同一経費での重複受給はできませんが、別の経費であれば併用可能です。例えば会計ソフトをIT導入補助金、チラシ制作を持続化補助金で申請するのはOKです。

Q. 2割特例と簡易課税はどちらが有利ですか？

業種によります。卸売業（みなし仕入率90%）は簡易課税が有利、飲食業やサービス業は2割特例が有利です。上の比較表を参考に、税理士にご相談ください。

Q. 自治体独自のインボイス支援制度はありますか？

はい。ITツール導入費補助や専門家派遣など、自治体が独自に設けているケースがあります。ミラサポplusで地域の支援策を検索できます。

まとめ: インボイス対応の補助金活用戦略

会計ソフト・レジ: IT導入補助金インボイス枠（小規模事業者は補助率3/4）
免税→課税転換: 持続化補助金インボイス特例で上限+50万円
大規模システム刷新: ものづくり補助金（上限750万〜1,250万円）
2割特例の終了準備: 2026年9月末まで。簡易課税への切替は事前届出が必要

参考情報

国税庁インボイス制度特設サイト: https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/zeimokubetsu/shohi/keigenzeiritsu/invoice.htm
IT導入補助金公式サイト: https://it-shien.smrj.go.jp/
ミラサポplus: https://mirasapo-plus.go.jp/

※ 本記事は2026年4月時点の公募要領・公開情報をもとに作成しています。補助率・上限額・経過措置の期限等は変更される場合があります。申請前に必ず公式サイトで最新情報をご確認ください。